Долгое время существовали две гипотезы их происхождения.
Согласно одной, алеуты пришли с северо-восточного азиатского побережья, согласно другой — с Аляски. Г. В. Стеллер высказывался за азиатское происхождение алеутов; в качестве основного аргумента он рассматривал сходство, которое, по его мнению, имеется у алеутских шляп из древесной коры и шляп ительменов и коряков.
Возражая против азиатской гипотезы, известный американский исследователь Аляски В. Долл полагал, что при тех средствах передвижения, которыми располагали алеуты, их переезд алеутов из Азии на острова представляется невероятным.
Американское происхождение алеутов предполагал и В. И. Иохельсон, аргументируя эту гипотезу сходством культуры алеутов с культурой индейцев северо-западного побережья Америки: «Сюда относятся употребление втулок (как украшений), раскраска лица и некоторые другие приёмы украшения.
В общем можно сказать, что особенности материальной и духовной культуры, а также физический склад алеутов указывают на их тесную связь с обитателями Америки, а не Азии».
А. Грдличка считал, что первыми жителями Алеутских островов были праалеуты (англ. Pre-Aleuts), которых примерно в 1000 году до н. э. сменили предки нынешних алеутов, пришедшие с Американского континента и продвигавшиеся на запад вдоль островной цепи.
Позднейшие археологические раскопки подтвердили смену населения островов в это время.
Что касается времени отделения алеутов от эскимосов и выделения их в самостоятельный этнос, то это, по мнению ряда авторов, произошло примерно 8000 лет назад.
В 1877 году, характеризуя антропологический тип алеутов, русский путешественник В. И. Немирович-Данченко писал: «Широкое, плоское лицо с выкатившимися скулами и вкось прорезанными глазами скорее заставляет предполагать родство этого племени с монгольской, чем с американской расой».
Он отмечал также, что цвет тела и лица у алеутов — белый, что отличает их от более смуглых чукчей и эскимосов.
По современным представлениям, алеуты относятся к арктической расе, хотя занимают в её составе особое положение: у них обнаружена примесь южных элементов тихоокеанской ветви монголоидов.
Генетические исследования показали, что алеуты по своему генофонду обнаруживают бо́льшую близость к азиатским эскимосам и чукчам, чем к эскимосам Аляски и коренному населению Камчатки.
Анализ гаплогрупп митохондриальной ДНК у алеутов показал, что у них преобладает древняя гаплогруппа D (в варианте D2a1), широко распространённая среди аборигенного населения севера Американского континента, а также встречается и гаплогруппа A, характерная как для аборигенов Америки, так и для жителей Северной и Центральной Азии.
Это означает, в частности, что по материнской линии вклад европейцев в генофонд алеутов не прослеживается.
Иную картину даёт изучение Y-хромосомных гаплогрупп алеутов: у современных алеутов характерная для европейцев гаплогруппа R преобладает над исконной для аборигенов Америки гаплогруппой Q, так что 85 % Y-хромосом у алеутов имеет европейское происхождение. Следовательно, по отцовской линии генотип алеутов сильно смешан.
