Алтае-Саянское нагорье, включающее прителецкую тайгу и Телецкое озеро, считается самой западной границей предполагаемого очага происхождения североамериканских индейцев. Ряд исследователей считает, что Каракольская культура распространялась именно отсюда на северо-восток. Изучение генетического материала тубаларов указывает на значительное число совпадений с генами индейцев. Об этом же свидетельствует схожесть некоторых обрядов и традиций: поклонение огню, курение трубки во время важных переговоров, например, сватовства.
Относительно происхождения тубаларов существует несколько точек зрения. Например, В.Вербицкий считал их племенем «сомнительного происхождения», указывая, что «язык и верования их общие с алтайскими калмыками. Но может быть, они и финского племени, только слились с народностью Монгольского». Наибольшее распространение получило мнение В.Радлова, который первый обратил внимание на то, что алтайцы называют «черневых татар» этнонимом «туба». Радлов, основываясь на том, что термином «туба» называют себя сойоты, то есть тувинцы, а также кой балы, и учитывая то, что в истории Южной Сибири XVII в. часто упоминается имя в истории тувинцев, центр обитания которых был на реке Убсе (правый приток Енисея), высказал такое предложение: « ….они переселились с востока. По всей вероятности, они являются самодийскими племенами, которые уже ранее отуреченные жили в начале XVII столетия в области между Телецким озером и Катунью… диалектные особенности их языка указывают на то, что эти племена были отуреченные киргизами. Они ещё до сих пор занимаются собиранием корней и кедровых орехов, также как это писали китайцы в отношении „Дубо“ (Дубо- китайское название племен туба, населявших в конце I тысячелетия восточный Саян и принявших участие в этногенезе восточных тувинцев)».
Некоторые авторы связывают появление названия народа со словом «дубо», которым китайские летописные источники VI—VIII веков назвали одно из племён теле, обитавшее на Енисее[4]. Название постепенно было воспринято тубаларскими сеоками как обобщающее самоназвание, хотя и не было зафиксировано переписью 1897 года.
В XIII веке, после завоевания Алтая Чингисханом, южные алтайцы попали под власть монголов и частично ассимилировались с этим народом. Тубалары ушли в тайгу и не вступали в битвы. Но затем Алтай вошёл в Улус сына Чингисхана Джучи, и постепенно тубаларов объясачили. Дань платили белками и соболями. В XVII веке тубалары стали данниками Алтын-ханов. В XVIII веке тубалары — данники Джунгарии. В первой же четверти XVIII века стали русскими подданными.
Тубалары для русских были неясачные до 1627—1629 г. И ясак не платили и бились в битвах с казаками, но перевес оказался на стороне казаков. Саракокшинские тубалары платили ясак русским по 2-3 соболя, по котлу и по тагану железному с человека в год. Эквивалентом пушного обращения был сначала только соболь, а потом и другие дорогие меха. Тубалары двоеданцы, они платили ясак России соболями, а джунгарам по котлу и железному тагану с человека (южские, кергежские и комляжские). У тубаларов управление было следующее: 1. Старейшины «байты» или «башлык». 2. Зайсаны. Власть зайсанов передавалась по наследству. Сеоки: Юз, Комдош, Тиргеш, Кузен, Челей, Калар, Карга, и т. д. Повинности русской власти: 1. Исправление и прокладка дорог. 2. Тушение пожаров. 3. Поставка лошадей для ямской гоньбы. 4. Заготовка дров для церквей и школ.
Расселение тубаларов
К 80-м годам 19 века тубалары были расселены следующим образом:
1. Население Юдской волости жило в селениях: Улала, Сайдыс, Чемал, Ынырга и разбросано по рекам Учак-Иша и Ынырга,
2. Население Комляжской (или Кондожской) волости жило в селениях: Кебезень, Ынырга, Паспаул, Чепош, Ильинское, Ерехалка и было разбросано по рекам Ише, Кузя, Тулон, и по берегам Телецкого озера.
3. Население Кергежской волости жило в селениях: Ынырга, Кебезень, Балыкса, и было разбросано по рекам: Тулой, Пыжа, Сары-Кокша, Эдеган, и по берегам Телецкого озера.
4. Население Кузенской волости жило в селениях: Ынырга, Паспаул, и по рекам Иша, Сары-Кокша.
Тубалары расселились выше от кумандинцев по р. Бии и её некоторым левым притокам, вплоть до половины Телецкого озера С первой половины 18 века русские делили земли по родовому различию: волости Кузнецкие, Комляжские, Тергешские (Кергежские или Кергешские), Южские. В атласе Семёна Ремезова они были уже в 1701 году. Южская волость впервые упомянута в 1745 году. Она располагалась по реке Сары-Кокша. Левый приток Бии. Кузнецкая волость находилась по соседству с Кумандинской, выше по реке Бия. Ещё выше по реке Бии была Комляжская волость. У самых истоков Бии, по обоим берегам Телецкого озера, до его половины, гранича с телесами, находилась Кергежская волость. По рекам Майме, по Ише и между ними, и по правому берегу Катуни жили (кочевали) Тау-телеуты.
