Этногенез челканцев связывается с урало-алтайским кругом народов. Популяционно-генетическое исследование челканцев показало, что они наиболее близки лесным ненцам и вместе с кумандинцами и энцами составляют так называемый самодийский кластер. Немаловажное место в этногенезе челканцев принадлежит также тюркским этническим элементам, связанным с этнополитическими образованиями других тюрков, уйгуров, енисейских кыргызов, позднее — телесов.
Челканцы входят в состав северных алтайцев. В формировании челканцев приняли участие местные племена самодийского и кетского происхождения, которые подверглись тюркизации в эпоху массового переселения тюрков на Алтай. В местах их современного проживания они известны по русским письменным источникам с 1-й четверти XVII века; их земля называлась Щелканы или Щелканская волость. В 1642 году часть челканцев ушла в Телесскую землю (населенная алтайцами область вокруг Телецкого озера) и в Саяны. Челканцы жившие по р, Бия, часто в документах XVII века относились к Кондомским волостям.
Впервые о челканцах упоминает русский документ 1625 г., в котором говорится, что русские казаки Федоров и Путимец были посланы «в Телэскую землю и в Щелканы». Побывав в этих местах и выполнив поручение, казаки сообщили, что «Щелкальской волости по смете 20 человек, а ясаку с них взяли на тебя государя 20 соболей вновь». В ясачных книгах Кузнецкого уезда челканцы значатся с 1629 г. как ясачная Щелканская волость. В советской и российской этнографической литературе, по устоявшейся за 400 лет традиции, эту группу называли и называют, как правило, челканцами, по имени одного из входящих в ее состав родов, либо — в последние 20–25 лет довольно часто и фонетически более точно — чалканцами; порой встречается название лебединцы, производное от р. Лебедь, по берегам которой всегда расселялась основная масса челканцев. Традиционно челканцы делятся на два рода-сеока — шалганну и шакшылу. Трансформации ХХ столетия наиболее заметно отразились в родовой структуре челканцев. Сейчас челканы делятся примерно на два десятка родов, в роли которых оказались обычные патронимии. О происхождении челканских родовых подразделений известно очень мало. В старинном предании о сеоке Шакшылыг говорится, что предки людей этого сеока раньше жили около Телецкого озера.
