До начала 20 века тофалары были шаманистами. Значительными были среди них пережитки анимистических и зоолатрических воззрений. В 14—18 веках тофаларский шаманизм испытал некоторое влияние ламаизма в результате общения с монголоязычными племенами, а также с тувиннами-тоджинцами. Со второй половины 17 века, с проникновением русского влияния, в религиозной жизни тофаларов начинают появляться отдельные черты христианства.

Главное место в божественном пантеоне занимали Бур-хан (Кудай) — владыка верхнего и Эрлик-хан — владыка нижнего мира. Более низкую ступень занимали хозяева гор (Даг-Ези) и воды (Сун-Ези). В целом в представлении тофаларов мир имел трехчастное деление на верхний, средний и нижний. Анимистические представления видны в поклонении огню, который считался также местом обитания одного из духов нижнего мира — аза. Тотемное животное у тофаларов — медведь.

В основе шаманизма лежало представление о способности шамана быть посредником между миром живых людей и существами верхнего и среднего миров. Шаманом мог быть любой человек, как правило не моложе 18 лет. Одежда шамана — шапка, шуба, сапоги. Основные атрибуты — бубен с колотушкой и колоколец. В функции шаманов входило лечение больных людей, домашних животных, поиск пропаж, предсказания будущего, освящение домашних оленей с целью сохранения благополучия рода.

В религ. воззрениях тофаларов имеет место также горизонтальное структурирование пространства, которое легло в основу погребальной обрядности, где понятия “восток” и “запад” причастны к процессу движения жизни, связаны с линией непрерывного прихода и ухода солнца.

В настоящее время у тофаларов широко распространено православие при значительном сохранении традиционных, до-шаманских представлений. Отмечается возрождение шаманизма.